小型冷冻干燥机由制冷系统、真空系统、加热系统、控制系统、干燥箱、冷阱等组成。冷冻干燥机的工作原理是将被物料先冻结到共晶点温度以下，然后在一定的水蒸气分压下使物品中的固态水份(冰)直接升华成水蒸气，从物品中排除，使物品干燥。物料经前处理后，被送入预冻仓冻结，再送入干燥仓升华脱水，脱水之后在后处理车间灯检及包装。
小型冷冻干燥机获得的冻干制品要求生物活性不变、外观色泽均匀、形态饱满、结构牢固、溶解速度快，残余水分低，保存时间长。要获得高质量的制品，对冻干的理论和工艺应有一个比较全面的了解。冷冻干燥机冻干工艺包括预冻、升华和解析三个分阶段。通过一定的方法，提高任何一阶段的效率，都能带来经济价值。
小型冷冻干燥机的应用十分广泛，使用频率也很高，因此冷冻干燥机能否正常使用对企业来说很重要。对于使用频繁，经常更换冻干制品的客户来说，冷冻干燥机的清洗工作就显得很重要了。
真空系统负责抽走升华及解析过程中产生的不可凝性气体，为系统建立维持一定的分压，加热系统向物料提供升华的热量，制冷系统向冷阱和冻干箱提供所需的冷量。冷冻干燥机采用板层传到、辐射及气体对流加热，物料受热均匀；采用高效捕水冷阱，与冻干箱内制品保持一定的温差，确保能*补集产生的水汽。采用热氟化霜，快速化霜；采用高效真空机组，并可实现油水分离；采用人工智能控制，控制精度高，操作方便。
冷冻干燥机长期工作会给配件等带来磨损和灰尘等杂质覆盖影响工作，冷冻干燥机不清洗的危害：
冷冻干燥机蒸发器和冷阱蒙满灰尘时，就会影响冷气和热量的散发，从而导致冷冻干燥机制冷或制热效果减弱，费电费时；当冷冻干燥机开启时，冷冻干燥机内的细菌会被直接吹散到室内的空气中，对人体造成直接伤害。在炎夏过去冷冻干燥机停止使用后，都会忽视对冷冻干燥机的清洁，于是冷冻干燥机吸尘网上吸附着的大量灰尘、螨虫、花粉、虱子和霉菌就开始大肆繁衍。到第二年再次使用冷冻干燥机时，这些病菌、病毒、霉菌和灰尘就被干燥机吹送出来，往往引发大规模的呼吸道感染和过敏性皮炎。而品种更换频繁的，也会导致品种之间的污染问题。
冷冻干燥机清洗方式：
对于制药医药类冷冻干燥机要求每次使用前后都要清洗清洁保养，而对于其他使用频率不大的，经常做同一品种的物料的，要求至少2批次清洗检车一下。
